Bộ Quốc phòng được quản lý bởi 1 Hội đồng do Bộ trưởng Quốc phòng làm Chủ tịch bao gồm Thứ trưởng Quốc phòng, Thủ trưởng các Cơ quan và Bộ Tổng tham mưu, Tư lệnh Bộ Tư lệnh tác chiến thống nhất, Tư lệnh Quân khu, lãnh đạo 3 cục, 3 ngành - đóng vai trò tham mưu, cố vấn chính cho Bộ trưởng Quốc phòng.

Bộ trưởng Quốc phòng:[3]

• Đại tướng Sergei Shoigu sinh năm 1955 (từ 11/2012) - Anh hùng Nga, nguyên Bộ trưởng Bộ Tình trạng khẩn cấp (1994-2012)

Thứ trưởng thứ nhất Bộ Quốc phòng:

• Đại tướng Valery Gerasimov sinh năm 1955 (từ 11/2012) - Tổng tham mưu trưởng
• Ruslan Tsalikov sinh năm 1956 (từ 12/2015)

Thứ trưởng Bộ Quốc phòng:

• Pankov Nikolay Alexandrovich
• Thượng tướng Andrey Kartapolov (7/2018) - Tổng cục trưởng Tổng cục Chính trị quân sự
• Thượng tướng Sadovenko Yuri Eduardovich (từ 1/2013)
• Đại tướng Dmitry Bulgakov (từ 7/2010) - Đặc trách hậu cần, kỹ thuật
• Trung tướng Yunus-Bek Yevkurov (từ 7/2019)
• Timur Ivanov (từ 5/2016) - Đặc trách tổ chức quản lý tài sản, quân lực, nhà ở và y tế
• Thượng tướng Alexey Krivoruchko (từ 6/2018) - Đặc trách hỗ trợ kỹ thuật - quân sự cho lực lượng vũ trang
• Đại tướng Pavel Popov (từ 11/2013) - Đặc trách phát triển cơ sở kỹ thuật cho hệ thống quản lý và công nghệ thông tin
• Thượng tướng Alexander Fomin (từ 1/2017) - Đặc trách đối ngoại
• Tatiana Shevtsova (nữ, từ 8/2010) - Đặc trách tài chính

Các cơ quan trực thuộc Bộ Quốc phòng (công khai):[3]